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NANOYOU proposera un programme scolaire sur les nanotechnologies très poussé qui s'adressera aux élèves de 11 à 18 ans et qui sera totalement adapté à leurs besoins éducatifs.  

Dans cette section, Nanoyou proposera des kits de formation pour les enseignants de différents groupes d'âge, ainsi que pour les centres de sciences. Les modules seront mis à la disposition de tous les enseignants intéressés par l'organisation d'activités d'enseignement dans leur école et comprendront du matériel de base, de la documentation et des études de cas spécifiques en rapport avec le contenu des autres outils et ateliers développés dans le cadre de Nanoyou.

Le programme scolaire s'articulera autour de trois sous-domaines axés sur l'actualité : les technologies de l'information et de la communication (TIC), l'énergie et l'environnement et la médecine. Des ressources et du matériel de formation seront mis à la disposition des éducateurs et le portail Web permettra aux étudiants de participer activement à des débats, à des expériences et à des jeux virtuels. Le programme scolaire de NANOYOU sera mis en œuvre en deux étapes. Dans une première phase, des écoles pilotes seront sélectionnées par le biais d'un appel à participation (qui commence en janvier 2010) et dans un deuxième temps (à partir d'octobre 2010), toutes les écoles pourront participer.  

Le programme pour les centres de sciences sera destiné aux groupes d'âge de 19 à 25 ans Il sera davantage spécialisé et axé plus spécifiquement sur le sous-domaine des nanotechnologies et des technologies de l'information et de la communication. Ce programme sera lancé en janvier 2010 et s'adressera dans un premier temps aux participants qui ont visité la Cité des sciences et de l'industrie à Paris et le Centre de culture scientifique technique et industrielle à Grenoble.